菌种鉴定-Sanger测序指是什么? 可以用ABI3130XL 实现吗？

发布时间：2025-05-10 13:01:46 热度：52

Sanger测序（Sanger Sequencing）简介

Sanger测序（又称双脱氧链终止法）是由Frederick Sanger于1977年发明的DNA测序技术，是第一代测序技术的核心方法，至今仍广泛应用于基因测序、微生物鉴定（如16S rRNA测序）、突变检测等领域。

1. Sanger测序的基本原理

基于DNA聚合酶的链延伸反应，加入双脱氧核苷酸（ddNTPs）随机终止扩增，产生不同长度的DNA片段。

荧光标记（或放射性标记）的ddNTPs使每个终止片段带有特定颜色，通过毛细管电泳分离并检测序列。

最终通过峰图（Electropherogram）读取DNA序列。

2. ABI 3130xl 是否可用于Sanger测序？

✅ 是的！ABI 3130xl 是经典的Sanger测序仪，由Applied Biosystems（ABI）生产，专门用于：

Sanger法测序（如细菌16S rRNA、真菌ITS测序）

片段分析（如微卫星、SNP分型）

ABI 3130xl 的特点

✔ 毛细管电泳系统：16道或4道毛细管，适合中小通量测序。

✔ 荧光检测：采用激光激发荧光信号（如BigDye® Terminator标记）。

✔ 自动化程度高：可自动进样、电泳、数据收集。

✔ 高准确性：读长可达800-1000 bp，适合16S rRNA、ITS等基因测序。

3. Sanger测序 vs. 高通量测序（NGS）

对比项                Sanger测序（ABI 3130xl）                    高通量测序（如Illumina）

通量                     低（单次1-16样本）                               高（百万级读长）

读长                       长（~800-1000 bp）                              短（50-600 bp）

适用场景    单基因测序（如16S/ITS）、突变检测      宏基因组、转录组、全基因组测序

成本                    低（单样本便宜）                                高（但单位数据成本低）

设备                 ABI 3130xl、3500xl等                                   Illumina MiSeq/NovaSeq

4. 如何用ABI 3130xl进行Sanger测序？

实验流程

PCR扩增目标基因（如细菌16S rRNA的1021区）。

纯化PCR产物（去除引物、dNTPs等杂质）。

测序反应：

使用BigDye® Terminator v3.1等测序试剂。

加入测序引物，进行循环测序（25-30个循环）。

纯化测序产物（去除未结合的ddNTPs）。

ABI 3130xl上机：

毛细管电泳分离荧光标记片段。

软件（如Sequencing Analysis）生成峰图。

序列比对（如BLAST比对NCBI数据库）。

5. 结论

Sanger测序是经典的DNA测序方法，适用于单基因测序（如16S rRNA、ITS测序）。

ABI 3130xl是专门用于Sanger测序的设备，可高效完成细菌、真菌的分子鉴定。

若需检测混合菌群（如环境样本），则需改用高通量测序（如Illumina）。

如果您的实验室有ABI 3130xl，完全可以利用它进行1021细菌DNA特征序列鉴定或1TS真菌检测，适用于科研、临床或工业微生物分析！